Croatian(HR)English (United Kingdom)
24.11.2017. RADIONICA "UVOD U MOLEKULSKO MODELIRANJE" Ispis
Cilj radionice je upoznati istraživače čiji se rad temelji na in vitro i in vivo eksperimentalnim pristupima, s komplementarnim in silico metodama molekulskog modeliranja (MM), i njihovom primjenom u istraživanju, posebice raka. Na radionici će biti predstavljene neke od metoda MM koje se često koriste u interdisciplinarnom istraživačkom radu, kao što su komparativno modeliranje proteina, molekulsko uklapanje, molekulska dinamika, virtualni probir aktivnih kemijskih spojeva, modeliranje kvantitativnog odnosa strukture i aktivnosti (engl. Quantitative Structure-Activity Relationship, QSAR) te utjecaja fizikalno-kemijskih svojstava na ADME /Tox - obilježja kemijskih spojeva (engl. Absorption, Distribution, Metabolism and Excretion/Toxicology). Uz kratki opis temeljnih pretpostavka i teorijske pozadine, bit će dani konkretni primjeri iz prakse. U sklopu ove radionice polaznici će i praktično sudjelovati u pretraživanju javno dostupnih baza podataka kemijskih spojeva i njihovih bioloških interakcija. Također će biti upoznati s programima za vizualizaciju kemijskih spojeva i njihovih kompleksa (ChemAxon, VMD, Pymol).
Radionicu vode dr. sc. Višnja Stepanić, mag. chem. Marko Tomin i prof. dr. sc. Sanja Tomić s Instituta Ruđer Bošković (IRB) koji u svom radu primjenjuju metode MM u istraživanju interakcije kemijskih spojeva s biološkim molekulama, proteinima i nukleinskim kiselinama, u cilju razumijevanja mehanizma njihovog djelovanja i dizajna novih lijekova.
Više...
 
23.07.2014. RADIONICA "MOLEKULSKO MODELIRANJE"

Cilj ove radionice bio je upoznati istraživače čiji se rad temelji na eksperimentalnim pristupima, s komplementarnim, in silico metodama molekulskog modeliranja (MM), te njihovoj primjeni u istraživanju raka. Na radionici su bile predstavljene neke od metoda MM koje se često koriste u interdisciplinarnom istraživačkom radu, kao što su komparativno modeliranje proteina, molekulsko uklapanje, molekulska dinamika, virtualni probir aktivnih spojeva, modeliranje (kvantitativnog) odnosa strukture i reaktivnosti (engl. Quantitative Structure-Activity Relationship, QSAR) te utjecaja fizikalno-kemijskih svojstava na ADME obilježja kemijskih spojeva (engl. Absorption, Distribution, Metabolism and Excretion). Uz kratki opis temeljnih pretpostavka i teorijske pozadine prikazani su konkretni primjeri iz prakse. U sklopu radionice polaznici su praktično sudjelovali u pretraživanju javno dostupnih baza podataka kemijskih spojeva i njihovih bioloških interakcija. Također su bili upoznati s programina za vizualizaciju kemijskih spojeva i njihovih kompleksa (ChemAxon, VMD, Pymol). Radionicu su vodile dr. sc. Višnja Stepanić i prof. dr. sc. Sanja Tomić s Instituta Ruđer Bošković (IRB) koje u svom radu primjenjuju metode MM u istraživanju intrekacije kemijskih spojeva s biološkim molekulama proteinima i nukleinskim kiselinama u cilju razumijevanja njihovih mehanizama (npr. DPP III) i dizajna novih lijekova.

Više...
 
14.12.2013. RADIONICA "TEHNOLOGIJA PROTEINSKIH MIKROČIPOVA"

Cilj ove radionice je upoznavanje novih tehnologija u istraživanju raka. Microarray tehnologija započeta DNA mikročipovima proširila se i na istraživanja proteina. Danas su čipovi komercijalno dostupni i omogućavaju dobivanje velikih količina podataka u kratkom vremenu. S druge strane, rutinska proizvodnja proteinskih mikročipova složenija je zbog heterogenosti i osjetljivosti samih proteina. Proizvodnja velikog broja različitih proteina u kulturama bakterija, kvasaca ili stanica insekata, za naknadnu imobilizaciju na površini mikročipa, dugotrajna je i skupa; uz to, postavlja se i problem stabilnosti proteina tijekom skladištenja. Razvijeno je nekoliko metoda koje zaobilaze navedene korake a jedna od njih je i 'Multiple Spotting Technique' (MiST). Ovaj eksperimentalni pristup uključuje imobilizaciju plazmidne DNA (s genom za željeni protein) na površinu čipa, te transkripciju i translaciju vezane DNA korištenjem 'cell free' sustava in situ, dakle na površini mikročipa.

Više...